Tuttavia, l’attuazione di questo nuovo progetto potrebbe avere due differenti riscontri; consentirà un maggior afflusso di navi in entrambe le direzioni agevolando i traffici marittimi con il rischio però di mettere in serio pericolo il Mediterraneo circa il proliferare di specie marittime tra cui Lagocephalus sceleratus (pesce palla Argenteo), Rhopilema nomadica (scifo medusa) provenienti da Usa e Asia.
L’allarme è stato lanciato dallo IUCN (Unione Mondiale per la conservazione della natura) la quale propone di aumentare il livello di salinità del Canale al fine di ricreare una barriera naturale e assicurare una difesa naturale per l’ecosistema del Mar Mediterraneo.